Sean Huang: R

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2013年4月2日星期二

R 的 debug 介紹

這是我在念博士班(2009)時整理的一些中文介紹, 懶得再重新修改了...
給有興趣的人參考囉...
基本上, 我現在最常用的就只有browser(), 我是覺得學了這個就夠用了....^^
有空再來重新檢視過內容~~

PDF: debuggingR

2013年1月31日星期四

利用R的Rmpi來做平行化運算..

筆電Toshiba Satellite C640, Linux Mint 13

速度, 本來需要578.18 secs, 加上平行化後只需209.99 secs.

R 程式碼

rm(list=ls())
library(snow)
myfun <- function(ii) {
    set.seed(ii*100)
    ret = mean(rnorm(10000))
    ret
}
cluster = makeCluster(4,type="MPI")

### Normal
tt0 = Sys.time()
aa = sapply(1:100000,myfun)
tt1 = Sys.time()
bb = parSapply(cluster,1:100000,myfun)
tt2 = Sys.time()

stopCluster(cluster)

cat(sprintf(" - %.4f, %.4f\n",difftime(tt1,tt0,units="secs"),difftime(tt2,tt1,units="secs")))

在unix上安裝自己的R

工作站的R是舊版的2.13.2

到CRAN下載R的source code
$ wget http://cran.csie.ntu.edu.tw/src/base/R-2/R-2.15.2.tar.gz
解壓縮到暫存目錄後, 先用./configure來客制化, 比如我把R裝載~/software/R-2.15.2下面
$ ./configure --with-x --prefix=/home/u00yhh00/software/R-2.15.2 --enable-R-shlib
接下來就是一連串的等待時間了, 利用make & make install來安裝
$ make & make install
修改自己目錄下的.bashrc這個檔案, 設定路徑
export PATH=/home/u00yhh00/software/R-2.15.2/bin:PATH
重新登入, 或者是下source指令
$ source .bashrc
已經成功更新到2.15.2囉...

2013年1月20日星期日

MATLAB vs. R

MATLAB與R都是矩陣運算的程式語言, 各有優缺點...
這是這兩種語言的一些function說明與比較, 在R官方網頁可以下載~
http://cran.r-project.org/doc/contrib/Hiebeler-matlabR.pdf

2013年1月9日星期三

其實是一個小技巧, 因為某人是程式白癡, 我又不可能幫他跑所有可能組合...
所以只能把程式丟給他跑, 為了要讓介面人性化一點, 決定要用"交談式"的參數輸入~~

舉例來說, 下面的小函數就可以由使用者決定一個方陣的大小...
只要把這個code給copy/paste到R去, 就可以用demo()來跑程式了...

demo <- font="font" function="function">
cat(" - Please input the size of matrix: ")
n = readLines(n=1)
n = as.numeric(n)
mat = matrix(1,ncol=n,nrow=n)
print(mat)
}

> demo()
- Please input the size of matrix: 3
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 1 1
[2,] 1 1 1
[3,] 1 1 1
>

2011年4月3日星期日

[R] 畫圖時把兩個座標軸的scale調成一樣

網路上看到的小技巧, 原文在

http://onertipaday.blogspot.com/2007/05/scatter-plot-with-axes-drawn-on-same.html

簡單來說, 就是在plot()中加入一個參數asp=1...

檢附上面連結的example如下, 有空再來研究...

---

x <- sample(10:200,40)
y <- sample(20:100,40)
windows(width = max(x),height = max(y))
plot(x,y)
# try:
plot(x, y, asp = 1)
# or, better:
library(MASS)
eqscplot(x,y)
#or
library(lattice)
xyplot(y ~ x, aspect = "iso")

2013年4月2日 星期二

R 的 debug 介紹

2013年1月31日 星期四

利用R的Rmpi來做平行化運算..

在unix上安裝自己的R

2013年1月20日 星期日